醫院重視學科建設，憑借專家團隊與臨床經驗，共建設有以下專科：
2011年獲批國家臨床重點專科（精神病科），2018年已驗收成功
2012年獲批溫州市醫學重點學科（普通精神）2018年已驗收成功
2013年獲批浙江省非公立醫療機構第一批臨床特色學科（臨床心理學），2017年已驗收成功
2015年獲批浙江省非公立醫療機構第三批臨床特色學科（行為醫學），2019年已驗收成功
2018年獲批溫州市屬醫院品牌學科
2019年獲批溫州市醫學重點學科（婦女精神醫學），2022年已驗收成功
2019年獲批溫州市兒童精神病重點實驗室，2022年已驗收成功
2021年獲批溫州市兒童青少年心理診療中心
2023年獲批中國心身醫學整合診療中心、國家高級認知障礙診療中心
2023年我院兒童青少年心理科獲批溫州市區域專病中心建設項目
醫院發展至今，已初步形成國-省-市三級學科體系建設，中心化布局、設置齊全、體系完備的學科發展模式，
現擁有6大中心診療中心：孤獨癥診療中心、睡眠診療中心、抑郁癥診療中心、心理健康服務中心、心身醫學整合診療中心、高級認知障礙診療中心，12個亞專科、1個國家重點專科，6個省市級重點學科，培養了一批科研人才，現擁有院士 5 人 、浙江省551人才 （衛生領軍人才、醫壇新秀）2人 、浙江省仁心仁術獎1人、溫州市醫壇新秀培養對象3人、溫州市高層次人才特支計劃科技創新青年拔尖人才 1 人 、國家級專業學會主任委員1人、省級專業學會主任委員1人、副主任委員3人、常委4人、國家級、省級學術期刊主編2人、高級職稱55人。
科研動態：
醫院以優勢特色學科為契機推動醫院學科建設、科研平臺建設、科技創新的發展。近年來獲批以下科研平臺：浙江省精神心理疾病臨床醫學研究中心、浙江省博士后工作站、浙江省數字精神醫學及阿爾茲海默病國際科技合作基地、溫州市院士工作站、溫州市博士創新站、國家高新技術企業等，2024年，溫州康寧醫院名列中國醫院科技量值（STEM）精神病學醫院學科排行榜45名
未來，醫院將持續打造名醫專家隊伍、以人才培育為基礎，重視學科、科研平臺建設、推動產、教、研一體化發展。
2010年至今，共計獲批科研項目121項：
國家自然科學基金2項、浙江省自然科學基金1項
浙江省醫藥衛生項目 9項、省級專業學會項目 5項
溫州市科技局項77項、溫州市醫藥衛生項目16項
橫向課題3項、院級課題8項
共發表學術論文SCI論文104篇、I級論文32篇、II級論文186篇、中華級論文10篇、地市級123篇。出版著作2本，參編國家與行業指南1本、參編醫學院校十四五規劃教材1本。醫院目前獲批有效專利數量10件，其中發明專利8件，實用新型專利2件，獲得計算機軟件著作權15項
